El 1 de diciembre de 1894 y presidida por el Rvdo. Padre D. Cándido Picamill se reúnen en la Iglesia de San Agustín, los señores:

• D. Augusto Pajares 

• D. Federico Reyes

• D. José Camino

• D. José María de Lemos

• D. Manuel Guerrero

• D. José Sevilla y Pinto

• D. Manuel González Palomino

• D. Manuel Hidalgo

• D. Adolfo Sánchez del Arco

• D. Ignacio Chilia

• D. José María Macalio R. Quiroga

• D. Ricardo Rodríguez

• D. Emilio Romero

• D. Fernando Rodríguez

• D. Pablo Juliá

• D. José del Toro

• D. J. Macalio y Lodolo 

• D. José Nada

  Deciden fundar la que llamarían “HERMANDAD RELIGIOSA DE NUESTRO SEÑOR JESUCRISTO EN SU BUENA MUERTE” para dar culto a la imagen del Santísimo Cristo que existía en dicho templo, bajo la advocación del "Cristo de las Ánimas" encargada por el P. Ulloa O.S.A. en 1648 para la capilla de los enterramientos de sus hermanos de la orden de San Agustín, abonando para ello la cantidad de 300 ducados (cantidad muy importante para la época) al escultor de tan magnífica talla, que a fecha de hoy sigue siendo desconocido. 

     El 16 de diciembre durante una nueva reunión, a la que se suma D. Cayetano del Toro y Quartiellers: Alcalde de Cádiz, Presidente de la Exma. Diputación de Cádiz e insigne médico oftalmólogo, es nombrado Hermano Mayor de la Cofradía, quedando constituída la primera Junta de Gobierno, con la siguiente composición:

• DIRECTOR ESPIRITUAL: Rvdo. P. Don Cándido Picamill

• PRIOSTE: D. Cayetano Del Toro y Quartilliers

• VICE-PRIOSTE: D. José Sevilla y Pinto

• SECRETARIO: D. José del Toro y Calatrigo

• MAYORDOMO-TESORERO: D. Fernando Rodríguez Silva

• Protectora de la Hermandad: Dña. Carmen Calatrigo de Del Toro

• Camarista: Dña. Carmen Calatrigo de Peralta

    Unos meses antes, en la Semana Santa de 1894; concretamente el 23 de abril, la imagen del Cristo había salido en procesión portada por algunos hermanos desde la Iglesia de San Francisco, según cuenta la crónica del Diario de Cádiz de aquella fecha.

     Las primeras Reglas de la Cofradía fueron aprobadas el 15 de mayo de 1895 por el Obispo Calvo y Valero. 

     En 1906, tras la salida de la Comunidad Agustiniana de Cádiz hacia El Puerto de Santa María en 1835, debido a la Desamortización de Mendizábal, regresan los Religiosos Agustinos que asumen la realidad de la Cofradía, fomentan y ensalzan el culto al Cristo de la Buena Muerte, y fomentan el culto a la imagen del Señor en su Buena Muerte.

     El 2 de enero de 1915 fallece D. Cayetano del Toro y la Hermandad prácticamente desaparece con él. Durante el periodo 1915 a 1920 se hará cargo de los enseres, cuentas, deudas, alquileres y demás el hermano D. Ricardo Rodríguez Bodria, al que se nombrará en 1922 Hermano de Honor, aunque no se le reconocerán, por la Junta de esa época, los pagos que este hermano había efectuado de mantenimiento de locales, etc.

     El 14 de agosto de 1920 se reúnen varios señores en el domicilio particular de D. Enrique del Toro para oír la propuesta que este les hace y que es la siguiente: “…la conveniencia de reorganizar la Cofradía que desde la muerte de su Sr. Padre, del Sr. Rodríguez (D. Fernando) Copello y Lerdo de Tejada, había dejado de actuar, proposición que fue acgida (sic) por unanimidad”. También el Sr. Del Toro propone que se nombre una Junta provisional hasta la Junta General y que será la siguiente:

• PRIOSTE: D. Ramon Rivas Valladares

• VICE-PRIOSTE: D. Enrique del Toro y Calatrigo

• MAYORDOMO-CONTADOR: D. Jose Martel

• SECRETARIO: D. Cesar Pemán

• VOCALES: D. Ricardo Rodríguez, D. Francisco Leal, D. Antonio Navarro, D. Fernando Sevilla y D. Ángel Picardo.

El 8 de enero de 1921 se celebra Cabildo General y se nombra a la primera Junta de Gobierno de la reorganizada Hermandad y que estará compuesta por los siguientes Hermanos:

• PRIOSTE NHD. Ramón Rivas y Valladares

• DIRECTOR ESPIRITUAL Rvd. P. Fray Blas Barrios

• VICE-PRIOSTE NHD. Enrique del Toro y Calatrigo

• MAYORDOMO 1º NHD. Cesar Pemán y Pemartin

• MAYORDOMO 2º NHD. Jose Martel y Seoane

• SECRETARIO-CONTADOR NHD. Francisco A. Ceballo González

• VOCALES: D. Francisco Leal, D. Ángel Picardo Blázquez, D. Francisco Velarde, D. Felipe Abarzuza, D. ('Mayol') Mayol, D. Luis Alcina, D. José Márquez, D. Miguel Aramburu e Inda y D. Álvaro Picardo y Gómez.

     Tras la reorganización, se aprueba dar un giro de 360º a la forma de discurrir la procesión por la calle al hacer su Estación de Penitencia. En la reunión de la Junta de 23 de febrero de 1921 y en su 4º punto se dice: “…celebrar la procesión el Viernes Santo y con la mayor SEVERIDAD y SILENCIO costeándose cada cofrade que pudiese salir en penitencia sus respectivas túnicas y sandalias…”. Desde aquella fecha, y hasta hoy día, continúa esa tradición por la cual la Hermandad hace su Estación de Penitencia en la SAI Catedral de Cádiz en total oscuridad, silencio y austeridad, solo acompañada, ante el paso del Cristo, por una Capilla Musical formada por un oboe, un corno inglés y un fagot que interpretan música de capilla.

     Sólo en los años 1932, 33 y 34 y debido a los acontecimientos políticos, la Cofradía no salió a la calle. El Viernes Santo de 1932 se colocó la imagen del Cristo a los pies del Altar Mayor de San Agustín y durante todo el día se le hizo adoración por los hermanos y hermanas, costumbre que desde entonces perdura en la tarde de todos los Viernes Santo.

Antes del inicio de la Guerra Civil y ante el cariz que estaban tomando los acontecimientos, se decide, por parte de la Junta de Gobierno y la Comunidad de Padres Agustinos, poner a salvo la imagen del Stmo. Cristo. Se encomienda al Mayordomo solicitar protección para la Imagen a la autoridad militar, quien los deriva a que lo hagan ante la autoridad civil, pues este asunto no depende de ellos. Puesto al habla con dicha autoridad, se recomienda a la Hermandad que, sólo depositando la imagen en el Museo, se les garantiza protección. Se desiste de ello pues no se fían de tal ofrecimiento tras los saqueos ocurridos en otros conventos de la ciudad. Tras varios intentos infructuosos, en los que incluso se quiso emparedar la imagen dentro de un armario del propio convento, se acuerda trasladar la imagen al domicilio particular del Consiliario Sr. G. W. Haynes en la calle Argantonio nº 10-1º, donde permanecerá escondido. Será en octubre de 1936 cuando el restaurador D. Juan Jose Bottaro repare los daños que se le han hecho al Cristo tras los intentos de ponerlo a salvo: confección de dos dedos, espinas de la corona y restaurar el brazo izquierdo. Todo ello costó la cantidad de '100 pesetas'.

     El 8 de diciembre de 1939 se incorpora a la Cofradía, como co-titular, la imagen de María Santísima del Mayor Dolor que ya había estado anteriormente en la Iglesia de San Agustín hasta la desamortización de Mendizábal. 

     Esta dolorosa había sido desamortizada en 1836 y vendida en pública subasta. Fue adquirida por doña Dolores Sicre para darle culto en su oratorio privado. El 5 de agosto de 1939 fue donada a la Cofradía, junto con todo su ajuar, por doña María Dolores Lacoste y Sicre, que la había heredado de sus antepasados. Procesionó por primera vez en la Semana Santa de 1940, y la Cofradía pasó a denominarse entonces “Cofradía de Penitencia del Santísimo Cristo de la Buena Muerte y María Santísima del Mayor Dolor”, nombre que ostenta en la actualidad.